System Intrastat, choć powiązany z handlem wewnątrzwspólnotowym, różni się od rozliczeń VAT. Deklaracje Intrastat służą wyłącznie celom statystycznym, podczas gdy informacje VAT-UE mają charakter podatkowy. Przedsiębiorcy muszą pamiętać o odrębnym wypełnianiu obu rodzajów dokumentów.